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    Lehrstuhl für Informatik VI - Künstliche Intelligenz und Angewandte Informatik

    MIS-based Access to Patient Data

         

    Das Projekt "MIS-based Access to Patient Data" unterstützt das Deutsche Zentrum für Herzinsuffizienz (DZHI) als Core Facility. Das DZHI ist eine gemeinsame Einrichtung der Universität und des Universitätsklinikums Würzburg und wird als Integriertes Forschungs- und Behandlungszentrum durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert (BMBF, Projekt 01EO1004).

    Die Core Facility gewährleistet die rechtlichen und EDV-technischen Voraussetzungen für die standardisierte Akquise von Patientendaten aus der klinischen Forschung und deren Dokumentation.

    Im Projekt werden die Datenberge, die im täglichen routine Klinikbetrieb erhoben werden und bisher in verschiedenen Datenformaten und -senken gespeichert werden in einem aggregierten DataWarehouse gespeichert und für statistische medizinische Forschungszwecke zur Verfügung gestellt.

    Ein besonderer Fokus des Projektes sind Text-Mining-Methoden, mit denen bisher unerschliessbare Freitext-Befunddaten strukturiert und untersucht werden können, indem sie homogen in den Gesamtdatenbestand integriert werden. Die dabei verwendeten Informations-Extraktions-Methoden bedienen sich der Methodiken der natürlichen Sprachverarbeitung und statistischer Lernverfahren.

    Aktuelles Team in alphabetischer Reihenfolge: Georg Dietrich, Maximilian Ertl, Georg Fette, Mathias Kaspar, Jonathan Krebs, Leon Liman, Frank Puppe, Stefan Störk

    Auf der Webseite des DataWarehouse Tools PaDaWaN sind weitere Informationen über das Projekt verfügbar.

    Publikationen

    2018

    • Finding Needles in the Haystack: Identifying Patients with Rare Subtype of Multiple Myeloma Supported by a Data Warehouse and Information Extraction. Krebs, Jonathan; Bittrich, Max; Dietrich, Georg; Ertl, Maximilian; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Liman, Leon; Einsele, Hermann; Puppe, Frank; Knop, Stefan in Studies in Health Technology and Informatics, U. Hübner, Sax, U., Prokosch, H. -U., Breil, B., Binder, H., Zapf, A., Strahwald, B., Beißbarth, T., Grabe, N., Schöler, A. (reds.) (2018). (Vol. 253) 160-164.
       
    • Cardiac troponins for the diagnosis of acute myocardial infarction in chronic kidney disease. Kraus, Daniel; von Jeinsen, Beatrice; Tzikas, Stergios; Palapies, Lars; Zeller, Tanja; Bickel, Christoph; Fette, Georg; J. Lackner, Karl; Drechsler, Christiane; T. Neumann, Johannes; Baldus, Stephan; Blankenberg, Stefan; Münzel, Thomas; Wanner, Christoph; M. Zeiher, Andreas; Keller, Till in Journal of the American Heart Association (2018). 7(19) e008032.
       
    • Ad Hoc Information Extraction for Clinical Data Warehouses. Dietrich, Georg; Krebs, Jonathan; Fette, Georg; Ertl, Maximilian; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank in Methods of Information in Medicine (2018).
       
    • Exporting Data from a Clinical Data Warehouse. Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Liman, Leon; Dietrich, Georg; Ertl, Maximilian; Krebs, Jonathan; Störk, Stefan; Puppe, Frank in Studies in Health Technology and Informatics, (I. O. S. Press, red.) (2018).
       
    • Estimating a bias in ICD encodings for billing purposes. Fette, Georg; Krug, Markus; Kaspar, Mathias; Liman, Leon; Dietrich, Georg; Ertl, Maximilian; Krebs, Jonathan; Störk, Stefan; Puppe, Frank in Studies in Health Technology and Informatics, (I. O. S. Press, red.) (2018). 247 141-145.
       
    • Underestimated prevalence of heart failure in hospital inpatients: a comparison of ICD codes and discharge letter information. Kaspar, Mathias; Fette, Georg; Güder, Gülmisal; Seidlmayer, Lea; Ertl, Maximilian; Dietrich, Georg; Greger, Helmut; Puppe, Frank; Störk, Stefan in Clinical Research in Cardiology, (S. B. Heidelberg, red.) (2018). 10.
       

    2017

    • Patients not consenting in registry participation- another black box in acute heart failure registries. Results from AHF Registry. Feldmann, C; Mathias, Kaspar; Mittenzwei, K; Mohrbach, Carline; Ertl, Max; Fette, Georg; Puppe, Frank; Ertl, Georg; Angermann, Chritine; Stoerk, Stefan (2017).
       
    • Patient’s and physician’s awareness of kidney disease in coronary heart disease patients – a cross-sectional analysis of the German subset of the EUROASPIRE IV survey. Wagner, Martin; Wanner, Christoph; Schich, Martin; Kotseva, Kornelia; Wood, David; Hartmann, Katrin; Fette, Georg; Rücker, Viktoria; Oezkur, Mehmet; Störk, Stefan; Heuschmann, Peter U. in BMC Nephrology (2017).
       
    • A customizable importer f... - Download
      A customizable importer for the clinical data warehouses PaDaWaN and I2B2. Georg, Fette; Mathias, Kaspar; Georg, Dietrich; Max, Ertl; Jonathan, Krebs; Stefan, Störk; Frank, Puppe in Studies in Health Technology and Informatics (2017).
       
    • SP308 INTRA-INDIVIDUAL CHANGES IN HIGH-SENSITIVE TROPONIN I AND T LEVELS IMPROVE DIAGNOSTIC PERFORMANCE FOR ACUTE MYOCARDIAL INFARCTION IN PATIENTS WITH CHRONIC KIDNEY DISEASE. Kraus, Daniel; von Jeinsen, Beatrice; Tzikas, Stergios; Palapies, Lars; Zeller, Tanja; Bickel, Christoph; Fette, Georg; Lackner, Karl; Drechsler, Christiane; Neumann, Johannes; others, in Nephrology Dialysis Transplantation (2017). 32(suppl_3) iii211--iii211.
       
    • Extending the Query Langu... - Download
      Extending the Query Language of a Data Warehouse for Patient Recruitment. Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Krebs, Jonathan; Mackenrodt, Daniel; Stefan, Störk; Frank, Puppe (2017).
       
    • Semi-automatic Terminolog... - Download
      Semi-automatic Terminology Generation for Information Extraction from German Chest X-ray Reports. Krebs, Jonathan; Corovic, Hamo; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2017).
       

    2016

    • Prevalence of severe mitral regurgitation eligible for edge-to-edge mitral valve repair (MitraClip). Wallenborn, J; Störk, S; Herrmann, S; Kukuy, O; Fette, G; Puppe, F; Gorski, A; Hu, K; Voelker, W; Ertl, G; Weidemann, F in Clin Res Cardiol (2016).
       
    • Data Linkage from Clinical to Study Databases via an R Data Warehouse User Interface. Kaspar, M; Ertl, M; Fette, G; Dietrich, G; Toepfer, M; Angermann, C; Störk, S; Puppe, F; others, in Methods of Information in Medicine (2016). 55(4) 381--386.
       
    • An improved data workflow... - Download
      An improved data workflow for a medical data warehouse. Fette, Georg; Ertl, Maximilian; Dietrich, Georg; Krebs, Jonathan; Toepfer, Martin; Störk, Stefan; Kaspar, Mathias; Puppe, Frank in European Journal of Epidemiology; Health—exploring complexity: an interdisciplinary systems approach HEC2016 (2016). 31, Supplement 1 54.
       

    2015

    • Extraktion von Lungenfunk... - Download
      Extraktion von Lungenfunktionsparametern aus Arztbriefen. Toepfer, Martin; Schmidt, David; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       
    • Extraktion und Transfer patientenbezogener Daten aus klinischen Informationssystemen in Studiendatenbanken - effektive Unterstützung klinisch-epidemiologischer Forschung durch ein Data Warehouse. Kaspar, Mathias; Fette, Georg; Ertl, Max; Dietrich, Georg; Nagler, Nils; Störk, Stefan; Angermann, Christiane; Puppe, Frank (2015).
       
    • Fallstudie zur Validierun... - Download
      Fallstudie zur Validierung eines klinischen Data-Warehouse mit Hintergrundwissen. Dietrich, Georg; Fette, Georg; Ertl, Max; Toepfer, Martin; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       
    • Die grafische Benutzerobe... - Download
      Die grafische Benutzeroberfläche PaDaWaN für das klinische Data Warehouse für Routinedaten an der Universitätsklinik Würzburg. Fette, Georg; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Toepfer, Martin; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       
    • Fine-grained information extraction from German transthoracic echocardiography reports. Toepfer, Martin; Corovic, Hamo; Fette, Georg; Klügl, Peter; Störk, Stefan; Puppe, Frank in BMC Med. Inf. & Decision Making (2015). 15 91.
       

    2014

    • Anfrage-spezifische Validierung in einem Data Warehouse für klinische Routinedaten an der Universitätsklinik Würzburg. Dietrich, G.; Fette, G.; Beck, P.D.; Ertl, M.; Toepfer, M.; Kluegl, P.; Kaspar, M.; Störk, S.; Puppe, F. (2014).
       
    • A Comparison of Search En... - Download
      A Comparison of Search Engine Technologies for a Clinical Data Warehouse. Dietrich, Georg; Fette, Georg; Puppe, Frank in CEUR Workshop Proceedings, T. Seidl, Hassani, M., Beecks, C. (reds.) (2014). (Vol. 1226) 235-242.
       
    • Extraktion kodierter Date... - Download
      Extraktion kodierter Daten aus textuellen Befundberichten: Eine Fallstudie zu Echokardiographieberichten. Toepfer, M.; Beck, P.D.; Dietrich, G.; Ertl, M.; Fette, G.; Kluegl, P.; Störk, S.; Puppe, F. (2014).
       
    • Integrated Tools for Query-driven Development of Light-weight Ontologies and Information Extraction Components. Toepfer, Martin; Fette, Georg; Beck, Philip-Daniel; Klügl, Peter; Puppe, Frank (2014). 83--92.
       

    2012

    • Information Extraction fr... - Download
      Information Extraction from Unstructured Electronic Health Records and Integration into a Data Warehouse. Fette, Georg; Ertl, Maximilian; Wörner, Anja; Klügl, Peter; Störk, Stefan; Puppe, Frank in LNI, U. Goltz, Magnor, M. A., Appelrath, H. -J., Matthies, H. K., Balke, W. -T., Wolf, L. C. (reds.) (2012). (Vol. 208) 1237-1251.
       

    2011

    • Information Extraction fr... - Download
      Information Extraction from Echocardiography Records. Fette, Georg; Klügl, Peter; Ertl, Maximilian; Störk, Stefan; Puppe, Frank M. Spiliopoulou, Nürnberger, A., Schult, R. (reds.) (2011). 187-190.
       

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