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    Lehrstuhl für Informatik VI - Künstliche Intelligenz und Angewandte Informatik

    MIS-based Access to Patient Data

         

    Das Projekt "MIS-based Access to Patient Data" unterstützt das Deutsche Zentrum für Herzinsuffizienz (DZHI) als Core Facility. Das DZHI ist eine gemeinsame Einrichtung der Universität und des Universitätsklinikums Würzburg und wird als Integriertes Forschungs- und Behandlungszentrum durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert (BMBF, Projekt 01EO1004).

    Die Core Facility gewährleistet die rechtlichen und EDV-technischen Voraussetzungen für die standardisierte Akquise von Patientendaten aus der klinischen Forschung und deren Dokumentation.

    Im Projekt werden die Datenberge, die im täglichen routine Klinikbetrieb erhoben werden und bisher in verschiedenen Datenformaten und -senken gespeichert werden in einem aggregierten Datawarehouse gespeichert und für statistische medizinische Forschungszwecke zur Verfügung gestellt.

    Ein Hauptfokus des Projektes sind Text-Mining-Methoden, mit denen bisher unerschliessbare Freitext-Befunddaten strukturiert und untersucht werden können, indem sie homogen in den Gesamtdatenbestand integriert werden. Die dabei verwendeten Informations-Extraktions-Methoden bedienen sich der Methodiken der natürlichen Sprachverarbeitung und statistischer Lernverfahren.

    aktuelles Team in alphabetischer Reihenfolge: Georg Dietrich, Maximilian Ertl, Georg Fette, Dr. Mathias Kaspar, Jonathan Krebs, Martin Toepfer

    Kontakt

     

    Publikationen

    2017

    • Patient’s and physician’s awareness of kidney disease in coronary heart disease patients – a cross-sectional analysis of the German subset of the EUROASPIRE IV survey. Wagner, Martin; Wanner, Christoph; Schich, Martin; Kotseva, Kornelia; Wood, David; Hartmann, Katrin; Fette, Georg; Rücker, Viktoria; Oezkur, Mehmet; Störk, Stefan; Heuschmann, Peter U. in BMC Nephrology (2017).
       
    • SP308 INTRA-INDIVIDUAL CHANGES IN HIGH-SENSITIVE TROPONIN I AND T LEVELS IMPROVE DIAGNOSTIC PERFORMANCE FOR ACUTE MYOCARDIAL INFARCTION IN PATIENTS WITH CHRONIC KIDNEY DISEASE. Kraus, Daniel; von Jeinsen, Beatrice; Tzikas, Stergios; Palapies, Lars; Zeller, Tanja; Bickel, Christoph; Fette, Georg; Lackner, Karl; Drechsler, Christiane; Neumann, Johannes; others, in Nephrology Dialysis Transplantation (2017). 32(suppl_3) iii211--iii211.
       
    • GMDS_2017_Text_Queries_camera_ready.docx
      Extending the Query Language of a Data Warehouse for Patient Recruitment. Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Krebs, Jonathan; Mackenrodt, Daniel; Stefan, Störk; Frank, Puppe (2017).
       
    • or_submission_83_4_1.docx
      Semi-automatic Terminology Generation for Information Extraction from German Chest X-ray Reports. Krebs, Jonathan; Corovic, Hamo; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2017).
       
    • GMS2017_Import_2.docx
      A customizable importer for the clinical data warehouses PaDaWaN and I2B2. Georg, Fette; Mathias, Kaspar; Georg, Dietrich; Max, Ertl; Jonathan, Krebs; Stefan, Störk; Frank, Puppe in Studies in Health Technology and Informatics (2017).
       

    2016

    • HEC2016.pdf
      An improved data workflow for a medical data warehouse. Fette, Georg; Ertl, Maximilian; Dietrich, Georg; Krebs, Jonathan; Toepfer, Martin; Störk, Stefan; Kaspar, Mathias; Puppe, Frank in European Journal of Epidemiology; Health—exploring complexity: an interdisciplinary systems approach HEC2016 (2016). 31, Supplement 1 54.
       
    • Data Linkage from Clinical to Study Databases via an R Data Warehouse User Interface. Kaspar, M; Ertl, M; Fette, G; Dietrich, G; Toepfer, M; Angermann, C; St"ork, S; Puppe, F; others, in Methods of Information in Medicine (2016). 55(4) 381--386.
       
    • Prevalence of severe mitral regurgitation eligible for edge-to-edge mitral valve repair (MitraClip). Wallenborn, J; St"ork, S; Herrmann, S; Kukuy, O; Fette, G; Puppe, F; Gorski, A; Hu, K; Voelker, W; Ertl, G; Weidemann, F in Clin Res Cardiol (2016).
       

    2015

    • GMDS2015_Validierung_mit_Hintergrundwissen.pdf
      Fallstudie zur Validierung eines klinischen Data-Warehouse mit Hintergrundwissen. Dietrich, Georg; Fette, Georg; Ertl, Max; Toepfer, Martin; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       
    • GMDS2015_padawan.pdf
      Die grafische Benutzeroberfläche PaDaWaN für das klinische Data Warehouse für Routinedaten an der Universitätsklinik Würzburg. Fette, Georg; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Toepfer, Martin; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       
    • Fine-grained information extraction from German transthoracic echocardiography reports. Toepfer, Martin; Corovic, Hamo; Fette, Georg; Klügl, Peter; Störk, Stefan; Puppe, Frank in BMC Med. Inf. & Decision Making (2015). 15 91.
       
    • Extraktion und Transfer patientenbezogener Daten aus klinischen Informationssystemen in Studiendatenbanken - effektive Unterstützung klinisch-epidemiologischer Forschung durch ein Data Warehouse. Kaspar, Mathias; Fette, Georg; Ertl, Max; Dietrich, Georg; Nagler, Nils; Störk, Stefan; Angermann, Christiane; Puppe, Frank (2015).
       
    • GMDS2015-Lufu-IE-final.pdf
      Extraktion von Lungenfunktionsparametern aus Arztbriefen. Toepfer, Martin; Schmidt, David; Dietrich, Georg; Ertl, Max; Fette, Georg; Kaspar, Mathias; Störk, Stefan; Puppe, Frank (2015).
       

    2014

    • paper_LWA_2014_Comparison.pdf
      A Comparison of Search Engine Technologies for a Clinical Data Warehouse. Dietrich, Georg; Fette, Georg; Puppe, Frank in CEUR Workshop Proceedings, T. Seidl, Hassani, M., Beecks, C. (Hrsg.) (2014). (Bd. 1226) 235-242.
       
    • Anfrage-spezifische Validierung in einem Data Warehouse für klinische Routinedaten an der Universitätsklinik Würzburg. Dietrich, G.; Fette, G.; Beck, P.D.; Ertl, M.; Toepfer, M.; Kluegl, P.; Kaspar, M.; Störk, S.; Puppe, F. (2014).
       
    • Integrated Tools for Query-driven Development of Light-weight Ontologies and Information Extraction Components. Toepfer, Martin; Fette, Georg; Beck, Philip-Daniel; Klügl, Peter; Puppe, Frank (2014). 83--92.
       
    • 2014-GMDS-Paper3.pdf
      Extraktion kodierter Daten aus textuellen Befundberichten: Eine Fallstudie zu Echokardiographieberichten. Toepfer, M.; Beck, P.D.; Dietrich, G.; Ertl, M.; Fette, G.; Kluegl, P.; Störk, S.; Puppe, F. (2014).
       

    2012

    • GMDS-KI-InfoExtr_01.pdf
      Information Extraction from Unstructured Electronic Health Records and Integration into a Data Warehouse. Fette, Georg; Ertl, Maximilian; Wörner, Anja; Klügl, Peter; Störk, Stefan; Puppe, Frank in LNI, U. Goltz, Magnor, M. A., Appelrath, H. -J., Matthies, H. K., Balke, W. -T., Wolf, L. C. (Hrsg.) (2012). (Bd. 208) 1237-1251.
       

    2011

    • lwa-wir2011_submission_4.pdf
      Information Extraction from Echocardiography Records. Fette, Georg; Klügl, Peter; Ertl, Maximilian; Störk, Stefan; Puppe, Frank M. Spiliopoulou, Nürnberger, A., Schult, R. (Hrsg.) (2011). 187-190.
       
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